2001年10月,根據《昌邑區人民政府辦公室關于印發<昌邑區人事局職能配置、內設機構和人員編制規定>的通知》(昌政辦發〔2001〕29號)精神,昌邑區機構編制委員會辦公室是昌邑區機構編制委員會的常設辦事機構,在昌邑區機構編制委員會領導下負責全區行政管理體制改革和機構改革,統一管理全區機構編制的日常工作。昌邑區機構編制委員會辦公室與昌邑區人事局合署辦公,正科級建制。
;2009年10月,根據《中共昌邑區委辦公室關于印發〈昌邑區機構編制委員會辦公室主要職責內設機構和人員編制規定〉的通知》(昌辦發〔2009〕22號)精神,原與昌邑區人事局合署辦公的昌邑區機構編制委員會辦公室單獨設置,列黨委機構序列,正科級建制。